Los comienzos de la Organización
El proceso de colonización y evangelización de Venezuela inició por el Oriente. En concreto, la Isla de Margarita fue avistada por el Almirante Cristóbal Colón el 15 de agosto de 1498 diciendo éste de la misma que era una tierra de gracia. Desde entonces, el evangelio llegó a estas tierras insulares con los primeros misioneros miembros de diversas órdenes religiosas.
El primer proyecto de crear una circunscripción eclesiástica en territorio de lo que hoy es Venezuela es de 1520, cuando por bula pontificia, se creó la Diócesis de Paria (actual estado Sucre); pero dicho proyecto no llegó a materializarse por lo que, históricamente, la primera Diócesis de Venezuela fue la de Coro creada en 1531.
Fue el Papa León X quien anexó las Antillas menores a la Diócesis de San Juan de Puerto Rico y la región costera del este de Venezuela donde la explotación perlífera especialmente en Cubagua entre los años 1520 y 1530 del siglo XVI fue floreciente.
De esa forma, a Margarita, y a Cumaná se les denominó como Anejos Ultramarinos del Obispado de san Juan de Puerto Rico y para el año 1568 la isla es visitada por primera vez por un Obispo en la persona de Monseñor Rodrigo de Bastidas.
La isla de Margarita, fue tierra prodiga para la formación de la fe en el siglo XVI, en ella se ubicó el primer convento de Predicadores (dominicos), en territorio venezolano. El convento de Nuestra Señora del Rosario de la Margarita, fue fundado por Fray Juan Martínez de Manzanillo, Superior provincial de la antillana provincia de santa Cruz, con residencia en Santo Domingo quien llegó a Margarita el 24 de marzo de 1578.
Las grandes dotes administrativas que había mostrado en el desempeño de las misiones que les fueron encomendadas, le merecieron que en 1580 fuese presentado para la sede de Coro, siendo el cuarto Obispo que la ocupó. Fue consagrado en la Catedral de Santo Domingo por Don Alonso López Dávila. También fue Manzanillo el primer Obispo que residió en Caracas y allí murió el 1º de enero de 1592.
Margarita Pasa a ser Parte del Territorio Eclesiástico Venezolano
Es apenas a finales del siglo XVIII cuando la Isla de Margarita pasa a depender de una Diócesis ubicada en territorio venezolano.
El 20 de mayo de 1790 fue erigida la Diócesis de Santo Tomás de Guayana (actual Arquidiócesis de Ciudad Bolívar), creada por su Santidad el Papa Pío VI, y estaba conformada por las islas de Margarita y Trinidad y las provincias de Cumaná y Guayana, separándose así de la Diócesis de San Juan de Puerto Rico y se tiene como sede de la nueva Diócesis a la ciudad de Angostura, capital de Guayana, hoy Ciudad Bolívar.
El 27 de marzo de 1792, fue consagrado en Caracas. Monseñor Francisco de Ibarra y Herrera como primer Obispo de Guayana convirtiéndose además en el primer venezolano en obtener la investidura episcopal.
En 1799, el Ilustrísimo Obispo de Guayana, comisiona al Presbítero Doctor Pedro Level, quien como visitador General de la Iglesia llega a Margarita, quedando sus resultados de visitas estampados en la ciudad de la Asunción con fecha 7 de marzo de 1799.
El 12 de octubre de 1922, el Papa Pio XI erige la Diócesis de Cumaná quedando la Isla de Margarita integrada a ella. Su primer Obispo fue Mons. Sixto Sosa, sucediéndole Mons. Crisanto Mata Cova y luego Mons. Mariano Parra León quien diligenció ante la santa sede la creación de una nueva Diócesis que comprendiera el territorio del Estado Nueva Esparta.
Creación de la Diócesis de Margarita
Finalmente, por decisión de su Santidad el Papa San Pablo VI, es erigida la Diócesis de Margarita el 18 de julio de 1969 mediante la Bula Christi Verba.
La Diócesis de Margarita comprende todo el territorio del Estado Nueva Esparta, con una superficie de 1150 Km 2 (Margarita 1071 Km 2 , Coche 55 Km 2 , Cubagua 24 Km 2 ). El domicilio del Obispo se encuentra en la ciudad de la Asunción capital del Estado Nueva Esparta, su Catedral el templo de la Santísima Virgen María Asunta al Cielo (este templo junto con la catedral de Coro recibe el honor de ser los más antiguos de Venezuela). La Diócesis de Margarita es sufragánea de la Arquidiócesis de Cumaná, y dividida a lo largo del territorio insular en 29 parroquias.
Sus Obispos hasta la actualidad han sido: